Il Santuario deve la suo origine a un eremita di nome Ondidei di Bonora, che in una stanza della sua umile casa aveva fatto dipingere un’Immagine Sacra: la Madonna che allatta il Bambino. L’eremita viveva sul Monte Auro, in tre stanze, una delle quali accoglieva la madonna che cominciò ad essere venerata con il nome di Madre della Divina Grazia.

Nel dipinto la Vergine appare con il volto sereno, stringe maternamente Gesù a sé allattandolo. La sua candida pelle è evidenziata dal manto azzurro che copre la veste rossa damascata. Entrambi indossano una corona esaltata dalla cornice che contorna il magnifico dipinto. L’immagine, probabilmente, appartiene alla scuola pittorica giottesco-romagnola e anche i ritocchi successivi non hanno potuto togliere le caratteristiche evidenti di Madonna quattrocentesca.

Nel 1833 arrivò il miracolo di Annunziata Rossi, la donna che si trascinò davanti immaginane, gravemente malata e che tornò a casa guarita. È questo il primo miracolo storicamente accertato dalla chiesa e dalla diocesi di Rimini. La chiesetta, sorta sull’ex-cella, venne ampliata e divenne un Santuario. Molti ex voto dimostrano le grazie che tanti fedeli di questa Madonna avrebbero ricevuto. Oggi quell’immagine venuta da lontano si trova sull’altare maggiore della chiesa.

Nel 1911 venne eretto il Campanile. Dal 1927 al 1935 furono realizzate numerose opere artistiche, tra le quali l’affresco raffigurante Bonora orante davanti al dipinto della sua Madonna, del pittore Brici di Rimini, posto all’ingresso della porta laterale. Nel 1913 don Pio Sanchini, con l’aiuto del fratello don Tommaso, assunse la direzione del Santuario. I due sacerdoti (le cui spoglie sono conservate all’interno del santuario) saranno sempre ricordati come i protagonisti di una nuova fase di splendore del Santuario di Bonora.

Durante l’ultima guerra mondiale, dal 7 marzo 1944, è stato accolto nei locali adiacenti la Cella, il seminario diocesano, sfollato dal centro di Rimini. Dal 1949 al 1956 il Santuario fu affidato ai Padri Minimi di San Francesco di Paola di Rimini. Nel 1956 è ritornato sotto la responsabilità del Seminario diocesano che vi costruì la villa estiva. Attualmente è di proprietà della Diocesi di Rimini che vi ha posto un sacerdote con il titolo di Rettore.

L’interno del Santuario, a tre navate, sorprende per la luminosità e la ricchezza di decorazioni.

La pala dell’altare Maggiore è costituita dall’antico muro su cui è dipinta la Madonna di Bonora, inquadrata da due colonne dorate e scanalate. L’altare è sormontato da una cupola dorata.